Acidul clorhidric este produs în stomac de către celulele parietale. Organismul foloseşte sarea (clorura de sodiu), descompunând-o în acid clorhidric şi bicarbonat de sodiu. Acidul clorhidric are rolul de a „steriliza” hrana şi de a ioniza mineralele, determinând pepsina să descompună proteinele din alimente.
Pentru cei mai mulţi dintre oameni, faptul că stomacul conţine acid clorhidric este complet necunoscut. Cercetătorii au făcut experimente în laborator, folosind baterii alcaline şi lame de ras pe care le-au lăsat 24 de ore într-o substanţă care imită acidul gastric. Bateria a rezistat, însă lama a fost distrusă în proporţie de 63%. În jurul vârstei de 60 de ani, acidul produs de către stomac ajunge să scadă cu până la 75% faţă de cantitatea pe care o producea în jurul vârstei de 20 de ani.
În cazul în care acidul clorhidric nu este suficient în stomac se pot declanşa în ţesuturi diverse procese, cum ar fi pneumonia, apendicita, abcesele, afecţiuni ale bilei şi pancreasului, putând ajunge până la pietre la bilă sau diabet.